В верхнем течении Лена протекает по горному Прибайкалью. Далее Лена течет по территории Якутии. С запада от нее находится Среднесибирское плоскогорье, а с востока – Черский и Верхоянский хребты.
Бассейн реки Лена полностью находится в пределах Российской Федерации.
Лена протекает в районе вечной мерзлоты.