В ранние годы Федор Романов не планировал быть монахом. Боярин (с 1586 г.), сын влиятельного Никиты Захарьина-Юрьева, он считался возможным соперником Бориса Годунова в борьбе за власть после смерти Федора Ивановича в 1598 году. В 1590-е годы занимал ряд государственных и военных должностей: был псковским наместником, служил воеводой.
Вместе с другими Романовыми в 1600 году был сослан. Он и его жена Ксения были насильно пострижены в монахи под именами «Филарет» и «Марфа», что должно было лишить их прав на престол. Их сын – Михаил Федорович – впоследствии в 1613 году был избран русским царем.
Филарет в 1605 году и занял важный церковный пост митрополита Ростовского, он остался в оппозиции к Василию Шуйскому. Некоторое время поддерживал Лжедмитрия 2. Был избран патриархом.
В 1610 принял участие в свержении власти Василия Шуйского и стал активным сторонником семибоярщины. В первые годы правления своего сына Михаила фактически был его соправителем, оставаясь патриархом.