О.Ю.Шмидт родился в 1891 г. в Могилёве. Предки отца – немцы-колонисты. Предки матери – латыши.
Прошёл обучение в мужской гимназии в Могилёве. Учился в Киевской гимназии, окончил её с золотой медалью в 1909 г. В 1913 году закончил обучение на физико-математическом факультете Киевского университета.
Прошёл подготовку для приобретения звания профессора. Заниматься исследованием в области математики.
С 1917 г. занимается общественной и политической деятельностью. В 1921-24 гг занимается вопросами образования. Является основателем и главным редактором БСЭ.
В 1928 г работает в составе памирской экспедиции.
1930-1934 гг посвящены изучению Севера. На ледоколе «Александр Сибиряков» Отто Шмидт в 1932 году прошёл «Северный морской путь» в течение одной навигации.
1939-1942 гг О.Ю. Шмидт являлся вице-президентом академии наук СССР. Умер в 1956 г.