Большая часть акватории Индийского океана находится в зоне от тропической до умеренных широт, что благоприятно сказывается на органическом мире океана.
Тропическая область характеризуется богатством планктона. Фитобентос представлен бурыми водорослями. Из высших растений здесь произрастает посейдония – морская трава.
Зообентос представлен молюсками, губками, иглокожими, ракообразными. В шельфе Аравийского моря водятся моллюски и креветки. У берегов Австралии – каракатицы, кальмары, ракообразные.
Из рыб здесь водятся сардинелла, скумбрия, анчоус, ставрида. В тропической зоне часто встречаются акулы, гигантские морские черепахи, летучие рыбы, рыба-меч.
Для умеренных широт характерны красные и бурые водоросли.
В этих районах также водятся много китообразных, таких как беззубый и синий кит, тюлень, морской слон, дюгонь.
Также в водах Индийского океана обитает много организмов, которые светятся по ночам.