Не столь важно – три слова.
Не – отрицательная частица.
Столь – наречие.
Важно – наречие.
Наречия, которые не оканчиваются на буквы “е” или “о”, пишутся слитно с “не” в том случае, когда без “не” не употребляются: нельзя.
Наречие “столь” существует в русском языке, поэтому пишется с “не” раздельно.