Кто куда – устойчивое наречное сочетание. Пишется раздельно. Между словами не ставится запятая. Значение – в разных направлениях, врассыпную.
- Солдаты ринулись кто куда.
- Наступающие разбрелись кто куда, не было никакого порядка.
- Зайцы разбежались кто куда, поймать их не было никакой возможности.