В Енисее водится очень много самой разнообразной рыбы. Некоторые виды являются эндемиками, то есть обитают только в водах этой реки. Так здесь можно встретить (полный список):
- сибирский осетр и стерлядь (осетровые);
- ленок, таймень (лососевые);
- нельма, омуль, ряпушка, муксун, сиг речной, пелядь, чир, тугун (сиговые);
- сибирский хариус (хариусовые);
- щука обыкновенная;
- караси золотой и серебряный, плотва, елец, гольяны обыкновенный и озерный, пескарь, язь, лещ, линь (карповые);
- щиповка, голец (вьюновые);
- налим;
- колюшка девятииглая;
- подкаменщики сибирский и пестроногий, широколобка каменная.
В притоках Енисея, в Хакасии, а также в Красноярском крае, также водится много рыбы. Например, в Абакане водятся хариус, ленок, таймень, более обильный в правобережных притоках, речной сиг. На плесах с водной растительностью обычны язь, окунь, щука.