У раздельнополых организмов пол определяется последней парой хромосом. Она называется половой парой. Осуществляется комбинацией половых хромосом. Он может быть гомогаметным (если хромосомы одинаковые, например, ХХ) и гетерогаметным (при разном виде половых хромосом – ХУ). У разных животных самцы и самки имеют различные варианты половых хромосом.
Так, самка дрозофилы имеет гетерогаметный вариант (ХУ), а самец – гомогаметен (ХХ). У человека и большинства животных – наоборот: самки гомогаметные, а мужской пол гомогаметный.