Енисей питается талыми снеговыми, дождевыми и подземными водами. Такое питание называют смешанным.
Доля снегового питания около 50%. Питание дождевыми водами обеспечивает до 38% всей поступающей воды, а доля подземных вод невелика, всего 16%. К нижнему течению доля поступления подземных вод сокращается из-за многолетней мерзлоты.